Действие оперы происходит в России между 1598 и 1605 годами, в чрезвычайно неспокойное время, последовавшее за концом династии Рюриковичей и предшествовавшее появлению династии Романовых. Народ, согнанный со всей Москвы и понуждаемый приставами, молит Бориса взойти на царство. Борис полон зловещих предчувствий.
Тайно ведет свою летопись старец Пимен. В доверительной беседе с ним инок Григорий (в миру – Отрепьев) узнает об обстоятельствах гибели царевича Димитрия и о том, что он был его ровесником. Честолюбивый Отрепьев принимает решение назваться именем царевича в борьбе за русский престол и сбегает из монастыря.
В Москве, в кругу семьи, Борис не может обрести покой. Рассказ Шуйского о подробностях смерти Димитрия приводит царя на грань безумия. Враждебная отчужденность народа к царской власти достигла предела. Словами Юродивого народ выражает суждение о царе-преступнике. Собравшиеся на совет бояре потрясены состоянием Бориса. Годунов, истерзанный муками совести, встречает смерть как единственное искупление за свой грех.
